由上海市人民政府与世界健康基金会于上世纪九十年代立项建设，1998年正式建成对外开放。现有31个临床科室，规划床位规模1500张，实际开放788张，是我国儿童先心病、血液/肿瘤和发育行为儿科领域最高水平的中心之一，拥有6个国家重点学科、国家临床重点专科，是国家首批“211工程”、“985工程”及“双一流”儿科重点建设学科。2010年成为国内首家通过JCI国际医院认证的儿童专科医院，2017年医院获批成为国家儿童医学中心，2018年问鼎上海市政府质量金奖，2021年以总分903.8分位列全国儿童专科医院第一，2019年、2020年、2021年连续三年荣登“榜首”。在单项排名中，医院CMI指数和四级手术人数均排名第一。